健康科學研究所組織，包括「產品開發中心」、「生技發展中心」、「產品維護中心」及「品質檢驗中心」四個主要部門。

◆產品開發中心
負責開發新產品專案，分屬傳統美食組、機能飲料組、保健產品組共三組。
◆生技發展中心
負責專利暨健康食品認證申請、產官學合作計劃案及食品生技產業、新技術資訊、食品生技新素材等評估與應用研究。
◆產品維護中心
負責現有產品之品質安全及成本降低、感官品評、統計市調、市場資訊蒐集與消費者行為等研究。
◆品質檢驗中心
是國家級專業認證之檢驗機構，主要是測定食品各項物性與化性之分析，以及微生物、防腐劑、重金屬及農藥殘留等有危害食品安全之分析。